По умолчанию запускается от gitlab-runner

Для смены пользователя придётся редактировать сервис gitlab-runner.

vim /etc/systemd/system/gitlab-runner.service

ExecStart=/usr/bin/gitlab-runner "run" "--working-directory" "/home/user_name" "--config" "/etc/gitlab-runner/config.toml" "--service" "gitlab-runner" "--syslog" "--user" "user_name"

systemctl daemon-reload

systemctl restart gitlab-runner

где user_name - имя пользователя