Для того чтобы удалить файлы используется команда mc rm -r --force.

Но может так случиться что после удаления в самом bucket файлов нет, но они всё также лежать на диске в ОС. Может это произойти если вы используете версионность в bucket, чтобы полностью удалить файлы и их версии добавляем опцию --versions

mc rm -r --force --versions alias/bucketname