В целом автоматическое обновление это хорошо. Своевременные закрытия каких-то уязвимостей, багов.

Но в моём случае автоматическое обновление залочило apt. Сам процесс висел около 3 дней.

В общем я решил просто отключить автоматическое обновление, так как после этого еще и обычный ребут не работал. А если это серверный продукт, то как-то не очень приятно получать такую ситуацию.

Отключить автоматическое обновление из командной строки

sudo vim /etc/apt/apt.conf.d/20auto-upgrades

APT::Periodic::Update-Package-Lists "0";