Первый способ

Просто копируем сертификаты в директорию /usr/local/share/ca-certificates и выполняем update-ca-certificates. Заметьте, что сертификат должен быть с расширением crt.

cp /tmp/11111.cer /usr/local/share/ca-certificates/11111.crt
update-ca-certificates

Если нужно удалить сертификат:

rm /usr/local/share/ca-certificates/11111.crt
update-ca-certificates

Ещё один способ

sudo mkdir /usr/share/ca-certificates/extra
sudo cp my.crt /usr/share/ca-certificates/extra/my.crt

Если сертификат не в crt, возможно потребуется конвертировать:

openssl x509 -in my.pem -inform PEM -out my.crt

Добавляем сертификат, редактируя файл ca-certificates.com.

vim /etc/ca-certificates.com`

		exta/my.crt

update-ca-certificates

Можно также воспользоваться dkpg-reconfigure ca-certificates

Если надо удалить:

vim /etc/ca-certificates.com

		!exta/my.crt

update-ca-certificates

Можно также воспользоваться dkpg-reconfigure ca-certificates (убрать галочки на ненужных)